Bis in Dvoráks späte Zeit gehören Kirchenwerke zu seinen bedeutenden Schöpfungen: Stabat Mater op.58 (1876/77), das Requiem op.89 (1890) und Te Deum op.103 (1892). Die Messe D-Dur op.86 nimmt eine Sonderstellung innerhalb der Kirchenmusik Dvoráks ein. Formal durchaus gross angelegt, war sie doch in der Originalbesetzung für eher bescheidene Verhältnisse gedacht. Und dies aufgrund ihrer Bestimmung. Der kunstsinnige Prager Architekt Josef Hlávka bat den von ihm hochgeachteten Dvorák um eine Messkomposition zur Einweihung der Kapelle auf seinem Gut in Luzany in Südwestböhmen. Dvorák nahm den Auftrag an und komponierte die Messe zwischen dem 26. März und 17. Juni 1887.
Die Uraufführung der Messe am 11. September 1887 in der Schlosskapelle von Luzany leitete Dvorák selbst. Erst zwei Jahre später fand die erste öffentliche Aufführung im Pilsner Stadttheater statt. Dvoráks Messe ist "ein in seiner Art einmaliges Meisterwerk der Spätromantik" genannt worden; doch auch von ihrer Schlichtheit, religiöser Naivität und gleichzeitigen liturgischen Masslosigkeit ist gesprochen worden. Beide Blickwinkel werden dem Werk wohl nicht gerecht. Die Messe ist weder das problematische Kirchenwerk eines bekenntnishaft ringenden Romantikers, noch reicht sie in ihrer musikalischen Qualität an das Stabat Mater oder das Requiem heran; schon gar nicht genügt sie freilich den ideologischen und praktischen Vorstellungen des deutschen Spätcäcilianismus. Dvorák schrieb die Messe, wie er in einem Brief an den Auftraggeber sagt, als sein persönliches Zeugnis von "Glaube, Hoffnung und Liebe zu Gott", und er schrieb sie "zur Ehre unserer Kunst". Diesem hohen doppelten Anspruch wird das Werk, ohne jede Anmassung, mit seinen originellen, im Melos manchmal volkstümlich bzw. volkliedhaft geprägten Gedanken und seinem harmonischen Reichtum stellt es sich in den liturgischen Dienst einer Gottesverehrung, die eher von lyrischer Meditation als von dramatischer Unmittelbarkeit gekennzeichnet ist.
Das dreiteilige Kyrie ist in einem "Andante con moto"-wiegenden Sechsvierteltakt geschrieben. Der eingängige melodische Hauptgedanke wird aus einer schwingenden Linie aus jeweils abwärts gerichteten eng-räumigen Zweitonmotiven mit gegenläufigem Orgelbass gebildet. Im "Christe eleison" ändert Dvorák gegenüber dem Hauptthema lediglich den ersten Takt: spannende Anfangspause, rhythmische Schärfung durch Punktierung, kleinere Notenwerte und prägnantes Dreiklangmotiv.
Dreiteilung ist auch das Gloria angelegt. Im ersten "Allegro vivo" folgen auf die strahlenden und kompakten Dreiklangsfanfaren des "Gloria in excelsis Deo" und den innigen Wunsch des "et in terra pax hominibus" die satztechnisch verschränkten und rhythmisch aufgelockerten preisenden Anrufungen Gottes und ein eher konventionelles Fugato "adoramus te". Lyrish gibt sich der "Andante"-Mittelteil: kontrastierender Frauen- und Männerchor, solistische Passagen, expressive Dichte vor allem im melodisch weitgespannten "qui tollis peccata mundi". Die musikalisch sehr verkürzte Reprise greift nur zwei Gedanken des ersten Allegro wieder auf: den der Anrufungen und das Fugato, hier zum Text "cum sancto spiritu", mit dem gleichen, nur leicht veränderten Thema.
Der zweifellos bedeutendste Satz der Messe ist das umfangreiche zentrale Glaubensbekenntnis. Jeweils vom Alt vorgetragen und dann von den übrigen Stimmen übernommen, eröffnet ein achttaktiges Thema, volksliedhaft natürlich und volkstümlich einfach, mit seinen leichten Varianten den Satz. Dass es, wie sonst in Credo-Sätzen seit dem frühen Mozart formal üblich, nicht in einer freien Rondoform eingebaut wird, sondern lediglich in den Rahmen schliessenden Schluss "Credo in Spiritum Sanctum" wieder aufgegriffen wird, spricht für die kluge Ökonomie des Komponisten im Verwenden des leicht allzu Ohrenfälligen. Die drei folgenden Teile gestalten auf lyrische, dramatische und malende Weise die Glaubenssätze der menschwerdung und der Auferstehung und Himmelfahrt. Das schulmässige Fugato "et iterum venturus est" empfindet man beinahe als Fremdkörper - zumindest aber als retardierendes Moment vor der Reprise des Hauptthemas.
Das lapidare Sanctus geht unmittelbar in das Benedictus über. Dieses beginnt mit einem zwanzig Takte langen selbstständigen Orgelvorspiel in ruhigem Lento-Zeitmass. Schwingende Synkopen, weiche Durchgangschromantik und überraschende Enharmonik leiten zu einem zunächst beinahe amorphen Chorsatz. Nach und nach wird dieser durch grosse melodische Linien und dynamischen Bögen, rhythmische Komplementärbildungen sowie chromatische und enharmonische Färbungen und Steigerungen belebt un dintensiviert. Das "Osanna" greift auf den Schlussteil des Sanctus zurück, mit leichten, vor allem durch die geänderte Tonart bedingten Abweichungen.
Das dreiteilige Agnus Dei gehört neben Credo und Benedictus zu den musikalisch reichsten Sätzen der Messe. Auch bestätigt sich der Eindruck, dass Dvorák in den langsamen Teilen und lyrischen Passagen seiner Messe einen durchaus interessanteren und besseren Orgelsatz schreibt als in den übrigen Teilen, die man sich stellenweise gehaltvoller, eigenständiger und aufgelichteter wünschte. Im ersten Teil des Agnus Dei wird das achttaktige, wunderbar gegliederte und gesteigerte Thema mit beibehaltener Gegenstimme durch die vier Solostimmen geführt. Auf das emphatisch drängende dreimalige "miserere nobis", jeweils von einer Chorgruppe einstimmig vorgetragen, folgt die ruhige, die Gewissheit der Gewährung schon vorwegnehmende Friedensbitte "dona nobis pacem".